simRank-Network

该模块基于样品中的MS2谱图进行simRank相似度计算,并根据设定的simRank相似度阈值,构建谱图网络。输出是.graphml文件,可以用cytoscape软件进行可视化。

如果是true,对于同一样品中同一母离子的二级谱图将按照不同的碰撞能量分别进行合并;如果是false,同一样品中同一母离子的二级谱图将全部进行合并。默认值为true。
如果是true,母离子+-17 Da的碎片会从二级谱图去除。默认值为true。

选择一个或多个二级质谱数据(在files模块上传数据文件,支持.mzXML文件)

选择一个或多个对照样本(在“文件”模块上传数据文件,支持.mzXML文件)

选择一个peaktable文件(在files模块上传数据文件,支持.csv文件,需要包含“mz”和“rt”两列,mz为质荷比,rt以秒为单位的保留时间。该文件为可选项,如果提供了,则只提取和表格中mz/rt匹配的母离子相应的所有二级谱图进行分析。)