MSConvert使用说明

本网站仅能处理以mzXML格式保存的质谱数据，其他格式数据请通过msconvert软件转化为mzXML文件后提交。经过我们测试，按照下述参数生成的文件具有较好的表现。

GUI使用简介

首先，需要在Options中，需要按照下表设置参数：

参数	值
Output format	mzXML
Write index	True
Use zlib compression	True
TPP compatibility	True
Package in gzip	False

其余部分保持默认即可，其结果应如图所示。

Option设定示意

随后需要在Filters中，添加筛选条件。

通常需要按顺序添加 Peak Picking　Subset　Threshold Peak Filter三个筛选条件。

如果质谱数据不是centroid格式，则需要添加Peak Picking filter 并确保它是filter列表中第一个。

对于Peak Picking条件，Algorithm需要选择Vendor，而MS Levels则需要根据实际情况填写。筛选一级质谱时，MS Levels需调整为1-1，选择二级质谱时需要调整成为2-2。结果应如图所示。

Peak Picking 设定示意
一级质谱
二级质谱

另一个限制质谱级别数据的条件是Subset。与Peak Picking类似，筛选一级质谱时需调整为1-1，选择二级质谱时需要调整成为2-2

Subset 设定示意
一级质谱
二级质谱

（可选）对于Threshold Peak Filter条件，需要将Threshold type 设置为Absolute intensity，Orientation 设置为Most intense，Value 代表质谱仪器的噪音，需要根据仪器使用情况进行修改。

Threshold Peak Filter 设定示意
一级质谱
二级质谱

CLI使用简介

根据msconvert Man Page，上述参数可以用如下命令行来运行：

msconvert \
--mzXML \
--zlib \
--filter "peakPicking vendor msLevel=1-1" \
--filter "msLevel 1-1" \
--filter "threshold absolute 1000 most-intense" \
--filter "titleMaker <RunId>.<ScanNumber>.<ScanNumber>.<ChargeState> File:"""^<SourcePath^>""", NativeID:"""^<Id^>""""  [file_path_1] [file_path_2]

默认状态下，输出文件与输入文件保持在同一文件夹中。